Năm 1993 Bob Young đã thành lập ACC Corporation, một doanh nghiệp chuyên bán các phần mềm phụ kiện Linux và UNIX. Năm 1994 Marc Ewing tạo một bản phân phối Linux của riêng mình, mà ông đặt tên là Red Hat Linux[7] (Ewing đã đội một chiếc mũ lacrosse màu đỏ của Cornell University, đã được ông của ông tặng cho, khi ông đang học tại Carnegie Mellon University[8][9][10]). Ewing phát hành phần mềm trong tháng mười, và nó được biết đến như là bản phát hành Halloween. Young mua doanh nghiệp của Ewing trong năm 1995, và cả hai đã sáp nhập thành Red Hat Software, với Young phục vụ như giám đốc điều hành (CEO).

Red Hat phát hành lần đầu ra công chúng vào 11/8/1999, đạt được ngày tăng thứ tám lớn nhất đầu tiên trong lịch sử của Wall Street.[7] Matthew Szulik thành công, Bob Young trở thành CEO trong tháng 10 cùng năm.[11]

Ngày 15/11/1999, Red Hat mua lại Cygnus Solutions. Cygnus cung cấp hỗ trợ thương mại cho phần mềm miễn phí và lưu trữ bảo trì các sản phẩm phần mềm GNU ví dụ như GNU Debugger và GNU Binutils. Một trong những người sáng lập của Cygnus, Michael Tiemann, đã trở thành giám đốc kỹ thuật của Red Hat và by 2008[cập nhật] Phó Chủ tịch các vấn đề mã nguồn mở. Sau đó Red Hat mua lại WireSpeed, C2Net và Hell's Kitchen Systems.[12]

Tháng 2/2000, InfoWorld trao cho Red Hat giải thưởng "Sản phẩm Hệ điều hành của năm" lần thứ 4 liên tiếp của họ[13] cho Red Hat Linux 6.1. Red Hat mua lại Planning Technologies, Inc năm 2001 và năm 2004 là phần mềm quản lý chứng chỉ máy chủ và thư mục iPlanet của AOL.

Red Hat chuyển trụ sở của mình từ Durham, NC, đến khuôn viên của N.C. State University tại Raleigh, North Carolina vào tháng 2/2002. trong tháng tiếp theo Red Hat giới thiệu Red Hat Linux Advanced Server,[14][15] sau đó đổi tên thành Red Hat Enterprise Linux (RHEL). Dell,[16] IBM,[17] HP[18] và Oracle Corporation[19] tuyên bố hỗ trợ cho nền tảng này.[20]

Tháng 12/2005, tạp chí CIO Insight đã tiến hành "Khảo sát giá bán hàng" hàng năm, trong đó Red Hat xếp thứ một trong giá trị cho năm thứ hai liên tiếp.[21] Chứng khoán Red Hat lọt vào danh sách NASDAQ-100 ngày 19/12/2005.

Red Hat mua lại nhà cung cấp middleware mã nguồn mở JBoss ngày 5/6/2006 và JBoss đã trở thành một bộ phận của Red Hat. Ngày 18/9/2006, Red Hat phát hành Red Hat Application Stack, Hệ thống ngăn xếp đầu tiên của họ có tích hợp công nghệ JBoss và đều được chứng nhận bởi nhà cung cấp phần mềm nổi tiếng khác.[22][23] Ngày 12/12/2006, Red Hat chuyển từ NASDAQ (RHAT) sang New York Stock Exchange (RHT). Năm 2007 Red Hat mua lại MetaMatrix và thực hiện một thỏa thuận với Exadel để có thể phân phối phần mềm của họ.

15/3/2007, Red Hat phát hành Red Hat Enterprise Linux 5, và vào tháng 6 mua lại Mobicents. Ngày 13/3/2008, Red Hat mua lại Amentra, một nhà cung cấp dịch vụ tích hợp hệ thống cho kiến trúc hướng dịch vụ, quản lý quá trình kinh doanh, phát triển hệ thống và dịch vụ dữ liệu doanh nghiệp. Amentra hoạt động như là một công ty độc lập của Red Hat.

Ngày 27/7/2009, Red Hat thay thế CIT Group trong chỉ số 500 chứng khoán của Standard and Poor, chỉ số đa dạng của 500 công ty kinh tế hàng đầu Mỹ.[24][25] Điều này đã được thông báo như là 1 cột mốc lớn cho Linux.[26][27]

Ngày 15/12/ 2009, có thông báo rằng Red Hat sẽ phải trả 8.8 triệu USD để giải quyết một vụ kiện liên quan đến trình bày lại kết quả tài chính từ tháng 7/2004. Vụ kiện đã bị hoãn trong một tòa án quận ở North Carolina. Red Hat đã đạt thỏa thuận giải quyết đề xuất và ghi nhận một khoản phí một lần là 8.8 triệu cho quý kết thúc ngày 30/11. Các thỏa thuận đang chờ tòa án phê duyệt.[28]

Ngày 10/1/2011, Red Hat thông báo họ sẽ mở rộng trụ sở chính trong hai giai đoạn, thêm 540 nhân viên cho chiến dịch Raleigh. Công ty sẽ đầu tư hơn 109 triệu USD. Bang North Carolina cung cấp một gói hỗ trợ lên đến 15 triệu USD. Giai đoạn thứ hai liên quan đến việc "mở rộng vào công nghệ mới như ảo hóa phần mềm và các dịch vụ đám mây công nghệ".[29]

Ngày 25/8/2011, Red Hat tuyên bố sẽ di chuyển khoảng 600 nhân viên từ khuôn viên trường N.C. State đến Two Progress Plaza trung tâm thành phố. Progress Energy dự kiến sẽ xin thôi việc xây dựng vào năm 2012 nếu sáp nhập với Duke Energy được hoàn thành. Red Hat cũng có kế hoạch để đổi tên tòa nhà.[30]

Đáng chú ý, Red Hat trở thành công ty mã nguồn mở đầu tiên có doanh thu hơn một tỷ đô-la trong năm 2012, đạt 1.13 tỷ đô-la trong doanh thu hàng năm.[31]